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江苏疾控首次鉴定出新型环状单链DNA病毒

  • 产品时间:2022-05-08 00:14
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简要描述:该病毒是我中心病原所对今年9月27日江苏出入境检验检疫局检验的一例从新加坡回国的痉挛病人咽拭子样本展开病原体检测后扣除。病原所实验室人员通过对检验样本用高通量测序技术检测找到其中所含一种新型环状单链DNA病毒片段,后根据高通量测序reads序列设计特异引物,对病人咽拭子样本展开PCR扩充,产物经过sanger测序、序列装配,于10月26日取得该病毒全长基因序列3018nt。...

详细介绍
本文摘要:该病毒是我中心病原所对今年9月27日江苏出入境检验检疫局检验的一例从新加坡回国的痉挛病人咽拭子样本展开病原体检测后扣除。病原所实验室人员通过对检验样本用高通量测序技术检测找到其中所含一种新型环状单链DNA病毒片段,后根据高通量测序reads序列设计特异引物,对病人咽拭子样本展开PCR扩充,产物经过sanger测序、序列装配,于10月26日取得该病毒全长基因序列3018nt。

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该病毒是我中心病原所对今年9月27日江苏出入境检验检疫局检验的一例从新加坡回国的痉挛病人咽拭子样本展开病原体检测后扣除。病原所实验室人员通过对检验样本用高通量测序技术检测找到其中所含一种新型环状单链DNA病毒片段,后根据高通量测序reads序列设计特异引物,对病人咽拭子样本展开PCR扩充,产物经过sanger测序、序列装配,于10月26日取得该病毒全长基因序列3018nt。该病毒基因组含2种主要对外开放读码框(ORFs),分别编码拷贝酶蛋白Rep和衣壳蛋白Cap;有2个基因间隔区,其中大的间隔区所含环状病毒特征性茎环结构。与该病毒最相近的为猪粪涉及的环状病毒5(porcinestool-associatedcircularvirus5(PoSCV5),isolateCP3),编码蛋白氨基酸序列相似性大约为43%和50%,演化分析说明了这2种编码蛋白分别与环状病毒科及未分类的环状单链DNA病毒聚为一类,疑为为一种新型病毒。

可行性将该病毒命名为HumanPoSCV5-likecircularvirus(isolateMRJ),基因组序列已提交GenBank数据库(Accessionno.KY052047)。


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